En la época prehispánica algunas tribus matlatzincas y otomíes se asentaron en las cercanías de los meandros próximos a las márgenes del río Chicnahuapan o Chiconahuapan, hoy Lerma, para conseguir su sustento, denominando al sitio Almoloyán.
A la llegada de los españoles la palabra fue modificada por Almoloya, corrupción de la original. Durante la evangelización se le agregó San Miguel Almoloya y es actualmente Almoloya del Río.
Almoloya, nombre del idioma sonoro náhuatl cuya etimología deriva de las radicales: al, contracción de atl "agua"; molo de molloni o mollini, "manar", "brotar"; y la partícula verbal ya, yan, "en" o "donde", "lugar". "Donde brota el agua", "el lugar donde mana el agua a borbollones".
Está integrado por dos ideogramas tomados del Códice Mendoza: atl, "agua"; y el glifo de un brazo derecho para denotar el impulso de la fuerza motriz de brotar, molloni.
